France : Coronavirus repart à la hausse avec la vague BA.5 dans le pays et en Europe

Après la vague abstentionniste, la France va être touchée par une nouvelle vague de Coronavirus. Depuis début juin les chiffres de suivi de l’épidémie semblaient repartir à la hausse, portés par le sous-variant d’Omicron, BA.5. Ces derniers jours confirment clairement la reprise épidémique en France, mais également chez leurs voisins européens. Alors même que l’été commence ce jour, mardi 21 juin, le pays dénombre quelque 45.000 cas testés positifs au Coronavirus chaque jour. Si la croissance de l’épidémie continue sur le même chemin (50% d’augmentation par semaine), la barre des 100.000 cas devrait être atteinte au début des vacances scolaires. Deux questions restent suspendues :

1. quel sera le pic de cette 7ème vague de Coronavirus ? 
2. quel en sera l’impact sanitaire, alors que l’hôpital en crise se prépare à un été extrêmement tendu ?

Hausse des cas et des hospitalisations

Le graphique à consulter en ci-dessous résume l’évolution des principaux indicateurs permettant de suivre les chiffres de Coronavirus en France. Des cas positifs au taux de positivité en passant par les entrées à l’hôpital, tous sont en hausse, à l’exception des décès et du taux d’occupation des services de réanimation.

Suivi national du Covid-19 sur les deux derniers mois

La nouveauté depuis lundi 20 juin : le nombre de personnes actuellement hospitalisées en étant positif au Coronavirus est maintenant en hausse sur une semaine. Comme on peut le voir sur le graphique à consulter en ci-dessous, la croissance des cas positifs est de 50% sur sept jours, soit un doublement de l’épidémie tous les 12 jours.

Logique

Pour l’instant, la croissance à l’hôpital est plus faible. Logique : d’abord, il y a toujours un délai entre l’infection et le développement d’une forme grave de la maladie. Ensuite, la vaccination et les infections passées ont amélioré notre protection contre les formes graves. Il sera également important de scruter la part de personnes positives au Coronavirus, mais hospitalisées pour un autre problème. Cela concerne actuellement 43% des hospitalisations, selon Santé Publique France (SPF). Enfin, comme on peut le voir sur en consultant la carte ci-dessous, si le niveau de croissance du Coronavirus n’est pas le même partout en France, le taux d’incidence (nombre de cas pour 100.000 habitants) est en hausse dans tous les départements métropolitains.

Évolution du taux d’incidence

Les variants BA.5 et BA.4 majoritaires

Quant à comprendre à quoi est due cette énième vague, difficile d’avoir des certitudes. Le relâchement des gestes barrière et la fin des dernières restrictions, avec la levée du port du masque dans les transports, ont certainement augmenté le nombre de contacts à risque, et donc facilité la propagation du virus. Mais il y a surtout d’autres responsables. Il y a d’abord l’émergence de sous-variants d’Omicron. Cet hiver, le tsunami Omicron avait été suivi par une plus petite vague de contaminations, portée principalement par le relâchement des restrictions couplé à la survenue de BA.2, un sous-variant d’Omicron plus contaminant. Depuis début mai dernier, deux autres sous-variants sont en train de s’imposer en France : BA.4 et BA.5. Détectés tous les deux pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé en premier), ces deux variants ont un avantage sur les précédentes versions d’Omicron. Selon les dernières données de séquençage disponibles, BA.5 représente 24% des cas et BA.4 3,7%. Tous les deux sont en augmentation, de même qu’un autre sous-variant présent notamment aux États-Unis, BA.2.12.1. Mais le séquençage prend du temps, et la dernière analyse porte sur les contaminations datant de début juin. Il est possible, via le criblage des tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection aux sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous les deux une mutation en commun par rapport à BA.1 et BA.2, les formes d’Omicron dominantes en France.

Selon les dernières données (vendredi 17 juin), BA.4 et BA.5 représentent plus de 60% des contaminations.

Proportion des suspicions des variants BA.4 et BA.5

Mais la capacité de ces cousins d’Omicron premier du nom à échapper à l’immunité ou à être plus contagieux ne suffit pas à expliquer cette 7^ème vague. Pour les épidémiologistes Samuel Alizon et Mircea Sofonea, interrogés par The Conversation, la baisse de notre immunité (au moins face aux formes légères du Coronavirus) rentre aussi en jeu. « BA.4 et BA.5 se propagent à la faveur du vieillissement de notre immunité, et le font plus rapidement que BA.2, car ils bénéficient d’un double avantage de contagiosité et d’échappement immunitaire. BA.4 et BA.5 induisent donc une vague plus tôt que BA.2 ne l’aurait fait. », expliquent-ils. Si l’on décompose le nombre de cas quotidien en fonction de la progression des variants BA.4 et BA.5, on voit effectivement l’avantage de ces derniers. Mais on remarque également que la décroissance des cas de BA.2 s’est stoppée depuis la fin du mois dernier et qu’un plateau se dessine, probablement provoqué par la baisse de l’immunité des français face à l’infection.

Cas de Covid19 probablement liés à BA.2 et BA.5

Une hausse chez nos voisins européens

Cette situation n’est pas limitée à la France. Ces derniers jours, l’épidémie de Coronavirus a arrêté de baisser chez la plupart des voisins européens du pays, voire est repartie à la hausse, comme le montre le graphique à consulter ci-dessous.

Evolution sur une semaine des contaminations de Covid-19

Reste maintenant à savoir jusqu’où va monter cette 7^ème vague et où se situera le pic. Sur notre continent, en Afrique du Sud, où ont été détectés BA.4 et BA.5 pour la première fois, cette vague qui a suivi celle d’Omicron a atteint son maximum en un peu moins d’un mois. Au Portugal, premier pays européen touché par ces sous-variants, cela a pris un peu plus d’un mois.

Nombre de cas quotidiens

Mais difficile de faire des projections sur la France. En effet, ces deux pays n’ont pas connu de rebond épidémique lié à BA.2. Or, le génome de BA.4 et BA.5 est plus proche de celui-ci que de BA.1 (la première version d’Omicron). Il est donc possible qu’une personne infectée par BA.2 soit protégée un peu plus longtemps face à ces nouveaux Coronavirus qu’une personne simplement vaccinée ou contaminée lors de la première vague d’Omicron. De plus, l’impact des températures estivales pourrait limiter la propagation du virus, notamment en augmentant les contacts à l’extérieur, moins propice à l’infection qu’une réunion en intérieur. Pour autant, des vagues ont déjà eu lieu pendant l’été depuis deux ans. Surtout, l’impact hospitalier qui découlera de cette vague de cas est très difficile à anticiper. Il dépendra à la fois de l’immunité face aux formes graves induites par les vaccins et les infections antérieures, mais également du nombre de personnes contaminées. Le graphique à consulter ci-dessous montre que la vague hospitalière en Afrique du Sud a été limitée par rapport à la précédente, alors qu’au Portugal elle est très similaire. 

Patients hospitalisés avec le Covid-19

Pour autant, le taux de positivité au Portugal a explosé à 50% (un test sur deux positif), alors qu’il n’a pas dépassé les 25% en Afrique du Sud. Un indice qui suggère que la vague d’infections portugaise est bien plus importante que le nombre de cas recensés.